[청년창업사관학교] 세무·회계 자주 묻는 질문(Q&A) 총정리
이성호회계사
청년창업사관학교 전문 세무 상담소: 자주 묻는 질문(Q&A)
대표님들께서 가장 궁금해하시는 핵심 내용을 정리해 드립니다.
이미 법인사업자로 사업 중인데, 청창사 지원은 개인사업자로 새로 내서 하는 게 유리한가요?
지원 시점 기준으로 대표님의 사업 이력(업력)이 짧아야 유리하지만, 정부 지원금을 받을 목적으로 신설된 법인은 실질심사에서 리스크가 됩니다. 기존 법인의 R&D 역량을 명확히 구분하고 신규 사업으로 지원하는 구조 설계가 중요합니다.
자부담금(대응자금)을 꼭 현금으로 준비해야 하나요? 대표이사 급여를 자부담금으로 계산할 수 있나요?
자부담금은 ‘현금’과 ‘현물’로 나뉘며, 대표이사의 인건비는 현물 출자(In-kind)로 인정됩니다. 다만, 집행된 현물 비용은 사업비 정산 대상이 아니므로, 현금 집행 가능 여부를 고려하여 예산 구조를 짜야 합니다.
사업 개시일 이전에 집행한 비용도 사업비로 인정받을 수 있나요? 예산 집행 시작 기준일이 뭔가요?
사업 개시일(협약일) 이전에 집행된 비용은 원칙적으로 불인정됩니다. 다만, 협약 체결을 위한 필수적인 지출(예: 이행보증보험 수수료)은 예외적 인정 항목을 확인해야 하며, 리스크 최소화를 위해 개시일 이후 지출을 원칙으로 관리해야 합니다.
청창사 지원사업비는 부가세(VAT)를 포함하여 집행해야 하나요, 아니면 부가세 별도 금액만 인정되나요?
사업비는 VAT를 제외한 금액(공급가액)만 인정되며, 매입세액 공제가 가능한 VAT는 지원금으로 집행할 수 없습니다. 이는 지원금으로 기업의 순자산 증가가 아닌 연구개발 목적 달성에만 사용되도록 하기 위함입니다.
대표이사인 제가 직접 시제품 제작 용역을 제공하고 사업비를 받는 것은 자기 거래로 걸리나요?
대표자 또는 특수관계자가 관련된 거래는 공정성 및 객관성 입증이 극도로 어려워 대부분의 지원사업에서 불인정됩니다. 이는 부당 내부 거래 방지를 위한 핵심 관리 기준이므로 외부 제3자 용역을 활용해야 합니다.
사업비를 집행했는데, 이체확인증 대신 신용카드 매출전표만 제출하면 증빙으로 충분한가요?
신용카드 영수증은 지출 사실만 증명할 뿐, 연구개발 활동과의 직접적인 연관성 및 사업자 정보를 완벽히 증명하지 못합니다. 최종 정산 시 계좌이체 증명(통장 사본 또는 이체 확인증)을 함께 제출하는 것이 회계 감사의 기본입니다.
사업비를 다 썼는데, 중간점검 때 결과물이 사업계획서에 비해 미흡하다고 판정되면 문제가 되나요?
사업비 집행 적정성(Compliance)과 사업 결과 성과(Performance)는 별개의 영역입니다. 집행에 문제가 없더라도, 결과물이 현저히 미흡하면 ‘성실 수행’ 여부 판단에 따라 잔여 사업비 회수 또는 다음 지원사업 제한 등 페널티가 발생할 수 있습니다.
사업비로 구매한 고가 장비나 소프트웨어는 사업 종료 후에 제 회사의 자산으로 완전히 인정되나요?
장비 등 유형자산은 사업 종료 후에도 일정 기간(통상 5년) 동안 정부 출연금 지분만큼의 관리 의무가 따릅니다. 임의 처분하거나 목적 외로 사용하면 잔여 가치에 대해 환수될 수 있습니다.
인건비를 책정할 때, 외부 핵심인력의 급여를 동종 업계 평균보다 훨씬 높게 책정해도 괜찮나요?
인건비는 ‘적정성’ 심사 대상이며, 과도한 급여는 인건비 외 다른 비용을 전용하기 위한 수단으로 의심받기 쉽습니다. 인력의 역할과 기여도를 명확히 하고, 근거자료를 바탕으로 시장 평균 수준을 넘지 않도록 관리해야 합니다.
사업비 예산을 변경하고 싶을 때, 얼마나 바뀌어야 사전 승인을 받아야 하나요?
대부분의 지원사업은 세목별 예산의 일정 비율(통상 10% 또는 20%) 이상 증감 시 전용(변경) 승인을 요구합니다. 승인 없이 기준 이상 변경하면 해당 변경분은 불인정 처리되므로 반드시 사전 승인을 득해야 합니다.
대표자의 개인 신용카드로 먼저 결제하고, 나중에 회사 계좌에서 대표에게 상환하는 방식으로 사업비를 집행해도 되나요?
원칙적으로 사업비는 지정된 사업비 전용 통장에서 직접 이체/결제되어야 합니다. 개인카드 선결제 후 상환 방식은 증빙 흐름이 복잡해져 회계감사 시 부적정 처리될 위험이 매우 높습니다. 반드시 법인(사업자) 카드나 전용 계좌를 사용하세요.
청창사 사업을 통해 개발한 지적재산권(특허, 디자인)은 회사 소유인가요, 아니면 정부 소유인가요?
사업 수행 결과로 얻은 지식재산권은 원칙적으로 주관 기관인 회사 소유입니다. 다만, 정부 출연금 비율만큼의 국가 소유 지분이 인정되며, 기술 실시에 따른 수익 발생 시 정부에 기술료를 납부할 의무가 발생합니다.
단순 업무를 위한 사무용품이나 명함 제작비용도 시제품 제작비나 외주용역비로 묶어서 처리할 수 있나요?
사무용품이나 명함 등 일반 관리비 성격의 비용은 직접적인 연구 활동과 관련이 적어 사업비로 인정되기 어렵습니다. 각 예산 항목은 해당 목적 외로 전용할 수 없으며, 불필요한 항목 혼입은 불인정 리스크를 높입니다.
최종 정산 시 잔액이 남았을 경우, 정산 기간 마감일 이후에 돌려받을 수 있나요?
정산 결과 발생한 잔액 및 이자는 협약에서 정한 기한 내에 관리기관에 반납해야 합니다. 반납 지연 시 이자가 추가로 부과될 수 있으므로, 정산 보고서 제출 후 환수 안내에 따라 신속히 처리해야 합니다.
청창사 사업 수행 기간 중 사업 계획을 대폭 수정해야 하는 상황이 생겼는데, 중간 보고 시점에 한 번에 알려도 되나요?
사업 계획의 중요한 변경(예: 주요 기술 내용, 목표 변경, 대표자 변경)은 발생 즉시 또는 변경 예측 시점에 관리 기관에 ‘사전 승인’을 요청해야 합니다. 사후 보고는 불승인 사유가 되어 협약 해지 사유가 될 수 있습니다.
정부 지원금 자체가 저희 회사의 매출로 잡혀서 법인세 과세 대상이 되나요?
정부 출연금은 원칙적으로 과세 소득(익금)에 해당하지만, 중소기업의 경우 법인세법상 ‘연구·인력 개발비’로 손금 처리하거나, 일시 상각 충당금을 설정하여 과세를 이연하는 등의 특례를 적용받을 수 있습니다. 회계 처리 방법을 신중하게 결정해야 합니다.
전문 회계법인에 정산 대행을 맡기면, 정산 후 문제가 생겼을 때 모든 책임은 회계법인이 지나요?
회계법인은 사업비 집행 내역의 적정성을 검토하고 보고서를 작성하는 역할(대행/검증)을 할 뿐, 사업비 사용의 최종 책임은 대표님과 기업에 있습니다. 회계법인의 검토보고서가 있다고 해서 환수 리스크가 완전히 면제되는 것은 아닙니다.
청창사 졸업 후 후속으로 다른 R&D 지원사업에 지원할 때, 청창사에서의 성공 또는 실패 기록이 영향을 미치나요?
네, 대부분의 정부 R&D 사업은 과거 수행 실적과 성실도를 평가합니다. 청창사 사업에서의 미성실 수행 또는 중도 포기 이력은 향후 다른 지원사업 신청 시 감점 요인으로 작용하여 중장기적인 자금 조달 구조에 부정적인 영향을 줍니다.